已经在日本了，入职还要给公司提交护照吗

PDF或者复印件就够了，不需要给他们原件，需要在留卡的复印件或者PDF。公司没有要你原件的必要，除非他们有代理人帮你办别的国家签证，这时是需要你签字同意代理人有权利代表你。